根据检方指控，2001年至2004年间，北大资源集团一直处于负债运行的亏损状态。而这几年间，巩运明、叶丽宁等人先后将科学园账上的近2000余万元（主要是房租），以往来款的形式转到北大资源集团用来发放员工奖金。其中巩运明参与私分国有资产金额共800余万元，仇守银参与私分国有资产金额共600余万元，张永祥和黄琴芳参与私分国有资产金额共计1600余万元。公司董事长巩运明、总裁叶丽宁、副总裁黄琴芳、副总裁张永祥、常务副董事长仇守银等6名高管共分得1028万元。此举违反了《公司法》和北大有关校办企业发放利润的规定。